本行政许可按照一般程序办理，包括申请、受理、技术评审、决定和文书送达等。
（一）申请
申请单位经其所在地省级人民政府或按照业务隶属关系经国务院有关部门（以下简称申请单位省级主管部门）向科技部提交申请材料。
（二）申请单位省级主管部门签署意见
申请单位省级主管部门在收到申请人提交的材料后，签署意见，并于10个工作日内将申请材料经本部门盖章及负责人签章后函报科技部。
（三）形式审查与受理
科技部在收到申请单位省级主管部门函报的相关材料后，在5个工作日内完成形式审查，对申请材料齐全、符合规定形式的申请，予以受理并出具受理单。申请材料不齐全或不符合规定形式的，在5个工作日内一次性书面告知申请单位省级主管部门和申请单位需要补正的全部内容。（四）审查委员会审查
科技部从高等级病原微生物实验室生物安全审查委员会抽取专家对受理的申请进行会议或现场审查，形成审查委员会审查建议。
（五）部务会研究
科技部根据审查委员会审查建议，经部务会研究形成审批决定。
（六）文件制作与送达
根据部务会审批决定，科技部编制回复申请单位省级主管部门有关审查意见的函。自行政许可决定作出之日起10个工作日内，科技部将审批函送达申请单位省级主管部门和申请单位。
（七）复核、复议与诉讼
申请单位对以上决定有异议的，可以申请复核、复议或诉讼。可在收到通知之日起15个工作日内经其省级主管部门以书面形式向科技部申请复核，也可在收到通知之日起60日内向科技部申请行政复议，也可在收到通知之日起6个月内向人民法院提起诉讼。
（八）结果公开
审批决定不予公开。
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